कञ्चनपुर जिल्लामा २०२० सालको अन्त्यतिर प्राथमिक स्वास्थ्य केन्द्रको स्थापना भएको थियो । वि.सं. २०३१ सालमा २५ शैयाको स्वीकृती प्राप्त भए पनि जनशक्ति अभावको कारणले १५ वेड सहित अन्तरङ्ग विभागको खडा गरी कञ्चनपुर जिल्ला अस्पतालमा परिणत भई प्रसुती सेवा समेत आरम्भ भएको थियो । वि.सं. २०४३ सालमा ५० शैया सहित रिफरल सेन्टर अञ्चल अस्पतालको रुपमा परिणत भएको थियो । वि.सं. २०४५ सालमा अस्पताल विकास समितिको गठन भई वि.सं. २०५३ सालमा अन्तरङ्ग भवनको निर्माण भएको थियो भने वि.सं. २०६१ सालमा महाकाली अस्पताल विकास समितिको श्रोतबाट संचालन हुने गरी ५० शैया थप गरी १०० शैया संचालन गर्न नेपाल सरकारबाट स्वीकृती प्राप्त भएको थियो । 
२०७६ सालमा कोरोना महामारी पश्चात थप ५० शैया स्वीकृत संगै हाल १५० स्वीकृत शैया भईसकेको छ । 
संघीयता पश्चात महाकाली अञ्चल अस्पताल नाम रहेको यस अस्पताललाई महाकाली अस्पताल नामाकरण गरिएकोमा पछिल्लो समयमा यस अस्पतालले प्रदान गर्ने सेवाका विस्तारका कारण प्रदेश सरकार सुदूरपश्चिम प्रदेश सरकार(मन्त्रीपरिषद)को मिति २०७८।०२।१९ गतेको निर्णयानुसार महाकाली अस्पताललाई महाकाली प्रादेशिक अस्पताल कायम गरिएको छ ।